Alhoewel water overal wel ergens terug te vinden is in het landschap, is water een aparte beheercategorie. Het betekent dat boeren 'Water' beheren voor een betere kwaliteit en het verhogen van waterbergend vermogen van de bodem. Anders dan de overige leefgebieden worden de beheervergoedingen binnen ‘Water’ betaald door zowel de Provincie Friesland als door Wetterskip Fryslan (WF).
Het WF heeft waterdoelen te behalen in het kader van de Kaderrichtlijn Water (KRW). Waterberging en waterkwaliteit zijn belangrijke onderdelen van de KRW. Waterberging is belangrijk vanwege extreme droogte én heftige buien in de zomerperiode, en meer regen in de winter. De waterkwaliteit gaat over het terugdringen van voedingsstoffen en resten van gewasbeschermingsmiddelen in het water, een toename van biodiversiteit in de sloot(kanten) en het creëren van de juiste mate van stroming in het water. Boeren kunnen hier een belangrijke rol in spelen. Dat is mede de reden dat WF deels de beheervergoedingen meebetaald. Zowel de Provincie als WF betalen ieder 50% van het beschikbare budget.
Het agrarisch natuurbeheer binnen de categorie Water in het gebied gaat voornamelijk om beheer voor een betere waterkwaliteit. Het beheer richt zich voornamelijk op het voorkomen van uit- en afspoeling van mineralen en meststoffen in het oppervlaktewater (sloten).
Bij de randen van grasland (zoals weilanden):ANV Waddenvogels coördineert en ziet toe op het weidevogelbeheer op agrarische percelen op de eilanden Terschelling, Ameland en Schiermonnikoog. Samen met boeren en andere deskundigen op de eilanden wordt jaarlijks bekeken op welke percelen de specifieke beheerpakketten worden ingezet.