De provincie Friesland is opgedeeld in zeven agrarische collectieven, waarvan ANV Waddenvogels één is. Ieder collectief bedient boeren in een gebied. Overkoepelend vindt er coördinatie en kennisuitwisseling plaats via de organisatie Boer en Natuur.
De collectieven zijn eindverantwoordelijk voor de subsidie. Ze zien er op toe dat het agrarisch natuur- en landschapsbeheer in hun gebied zo goed mogelijk wordt uitgevoerd. Ook regelen ze de uitbetaling van de subsidie. Elk collectief moet voldoen aan de eisen die de EU en het ministerie van LNV stellen. ANV Waddenvogels heeft voor de uitvoering een kwaliteitshandboek opgesteld. Dit handboek wordt jaarlijks getoetst, op basis waarvan certificering plaatsvindt.
ANV Waddenvogels is een samenwerkingsverband van de 3 agrarische natuurverenigingen van Schiermonnikoog, Terschelling en Ameland en bestaat uit zo’n 150 leden. De 3 eilanden bundelen hun krachten binnen het collectief. De afzonderlijke agrarische natuurverenigingen voeren zelfstandig hun taken uit. ANV Waddenvogels is voor consistent natuurbeleid, het bijdragen aan de waterkwaliteit en de klimaatdoelen en het meer kosteneffectief maken van ganzenfoerageergebieden. Daarnaast onderstreept het collectief het belang van de weidevogels met het oog op de unieke situatie op de eilanden.
Elk eiland heeft één of meerdere kerngebieden, dit zijn gebieden waar van nature grote aantallen weidevogels zitten en waar met een samenspel van verschillende maatregelen de weidevogels op initiatief van ANV De Waddenvogels beschermd worden. Aan de hand hiervan stelt de Provincie Friesland ook de begrenzing van de leefgebieden vast waarbinnen subsidie kan worden aangevraagd voor ANLb. Er is ruim 2400 hectare in beheer, verdeeld over de eilanden Schiermonnikoog, Ameland en Terschelling.
ANV Waddenvogels coördineert en ziet toe op het weidevogelbeheer op agrarische percelen op de eilanden Terschelling, Ameland en Schiermonnikoog. Samen met boeren en andere deskundigen op de eilanden wordt jaarlijks bekeken op welke percelen de specifieke beheerpakketten worden ingezet.